欧美人与猪、狗、马的DNA差异，首先是人类与其他动物的物种差异；欧美人之间则是同一物种内部的遗传差异，不能与跨物种比较混为一谈。若要研究人群遗传，应比较定义清楚的人类样本；若要研究进化关系或动物遗传，则应按具体物种和研究问题选取猪、狗或马。
先区分两类比较
所有这些生物都以DNA储存遗传信息，许多基本细胞机制和基因功能也有共同之处。但人、猪、狗、马属于不同物种，基因组在序列、染色体结构、基因组成及调控方式等方面存在差别。具体差多少，取决于比较的是哪些区域、采用什么参考基因组和计算方法；单独给出一个“DNA相似度百分比”，往往不足以说明生物学关系。
“欧美人”也不是一个边界明确的遗传学类别。欧洲和美洲都包含来源多样的人群，美国等国家的居民更不能简单视为单一祖源。人群之间的遗传差异通常表现为群体频率上的渐变和重叠，并非按大陆划出互不相通的几类。研究时应明确样本来自哪里、如何界定祖源，以及比较的是哪些遗传变异。
人类与猪、狗、马，差异应看在哪里
跨物种研究通常不会把整套DNA当作一串完全可直接对齐的文字。研究者会根据目的比较可对应的基因或基因组区域，分析基因是否具有共同祖先、序列变化如何积累，以及染色体和基因调控是否发生变化。人和其他哺乳动物共享一些保守基因，不代表物种相同，也不表示这些动物可以代替人类回答所有生物学问题。
- 猪：可用于研究哺乳动物的共同生物学机制、猪自身的疾病与育种，也常被纳入与器官移植相关的研究。是否适合作为人类研究模型，要看具体器官、基因或生理过程，不能仅凭“像人”这样的笼统判断。
- 狗：适合研究犬种遗传、遗传性疾病和犬类性状，也能用于一些跨哺乳动物的比较研究。不同犬种之间已有明显的育种背景差异，选样时应说明犬种和家系信息。
- 马：适合研究马的品种、运动相关性状、遗传疾病及马科动物的进化关系。若问题针对马的健康或育种，马的参考数据比人类或其他动物的数据更直接。
上述用途是研究方向，不是“某一种动物与人整体最接近”的排名。即使两种动物在某项特征或某组基因上适合比较，也不能据此推断它们在所有基因和生理功能上都更接近人类。
按问题选择比较对象
| 要回答的问题 | 更合适的比较方式 | 判断重点 |
|---|---|---|
| 欧美不同人群之间有哪些遗传差异 | 比较经过明确界定的人类样本 | 祖源、样本来源、年龄与其他研究条件；避免把国籍直接当作遗传类别 |
| 人类与某种动物有哪些共同基因或进化差异 | 选定人和一种目标动物做对应基因或区域比较 | 研究基因、参考基因组质量、序列是否可比及比较方法 |
| 猪、狗或马的疾病、品种与遗传性状 | 使用目标动物自身的数据和适当品种样本 | 疾病或性状是否相同、品种背景、家系及检测目的 |
比较结果该怎样读
如果看到“人和某动物DNA相似度很高”之类说法，应先确认它比较的是全基因组、特定基因，还是能够对齐的序列片段；还要看是否计入重复序列、缺失区域及不同类型的变异。不同口径算出的数字不能直接横向比较。更可靠的结论会说明样本、参考数据、分析范围和方法，并把结果限定在相应研究问题内。
因此，若关注的是“欧美人之间”，选择人类群体遗传研究框架；若关注人类与猪、狗或马的差异，先确定要研究的基因、功能或进化问题，再选择对应动物。把人群差异、物种差异和某项性状的差异分开，才能得到有意义的比较，而不是用一个笼统的DNA百分比替代结论。