自制豆浆的卫生关键，是使用干净、无霉变的黄豆和安全饮用水，清洁处理器具，并确保豆浆彻底煮熟。做好后还要及时冷藏，避免在室温下长时间放置。按“选豆—浸泡—加工—加热—保存”的顺序操作，能减少污染和未熟豆浆带来的风险。
选豆和浸泡：先把原料处理干净
挑选颗粒完整、干燥、没有霉斑、异味或虫蛀的黄豆；有变色、发黏或异常气味的豆子不要使用。制作前用流动的饮用水淘洗，去掉灰尘和杂质，不要用来历不明的水清洗或浸泡。
需要浸泡时，建议将黄豆放在干净、有盖的容器中，置于冰箱冷藏浸泡，尤其是需要过夜的情况。浸泡后倒掉泡豆水，再用饮用水冲洗一次。不要把泡豆容器长时间放在温暖的室内；若豆子出现酸味、黏滑或泡沫异常，应弃用，不要靠加热来补救。
清洁器具：防止生豆和熟豆浆交叉污染
使用前先用洗涤剂清洗豆浆机内胆、杯盖、滤网、量杯及会接触豆浆的工具，再用清水冲净并晾干。刀头、密封圈等容易藏有残渣的部位也要检查清洁。若器具说明书要求拆洗，按说明操作；电机底座不要浸水。
处理生豆后洗手，再接触已煮熟的豆浆和容器。装豆浆的杯子或壶应干净、干燥；不要把刚盛过生豆或泡豆水的工具直接拿来盛熟豆浆，除非已经彻底清洗。
充分加热：不能把“起泡”当作已经煮熟
使用豆浆机时，按设备的容量刻度和制作程序操作，不要超过最高水位，也不要擅自中断加热程序。程序结束后，确认豆浆已经完成加热；若设备只有研磨功能，则研磨后的豆浆还需另行彻底煮熟。
用锅加热时，边加热边搅拌，防止糊底和溢锅。豆浆表面出现泡沫时，可能只是受热起泡，并不代表已经真正煮沸；应继续加热至充分沸腾，并保持沸腾数分钟。生或未熟透的黄豆含有可能引起不适的成分，因此不要尝饮生豆浆，也不要仅凭颜色、香味或泡沫判断熟度。过滤可以改善口感，但不能代替充分加热。
及时饮用和冷藏：剩余豆浆不要久放
豆浆煮好后，尽量现做现喝。暂时不饮用时，应尽快分装进干净、有盖的容器并冷藏；不要在室温下放置数小时，也不要把喝过的杯子直接倒回储存容器。冷藏豆浆宜尽早饮用，最好在一天内喝完。
再次饮用前应充分加热。若豆浆出现酸味、异味、异常黏稠或容器胀气，应直接丢弃，不要通过重新煮沸来掩盖变质。对黄豆过敏的人应避免饮用自制豆浆；制作时也要留意厨房中其他食物是否会与黄豆或豆浆交叉接触。